La cirugía reconstructiva a diferencia de la cirugía estética o cosmética, es realizada sobre áreas anormales del cuerpo, producidas por defectos del nacimiento, malformaciones adquiridas por traumatismos, infecciones, tumores, enfermedades, heridas, etc. La finalidad de esta cirugía es reparar o restaurar las lesiones que estas patologías han ocasionado.
Algunos ejemplos de malformaciones congénitas son el labio y paladar hendidos, deformidades de las manos como la sindactilia, ausencia o hipotrofia de las orejas (anotia o microtia) y desarrollo anormal de las mamas (asimetría mamaria, mamas supernumerarias, ginecomastia).
Las quemaduras, heridas, lesiones tumorales y ciertos efectos del proceso de envejecimiento se consideran malformaciones adquiridas.